生物科学研究所 Laboratory of Biology 井口研究室ホームページ
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生物科学研究所は,長野県岡谷市の研究教育機関であり,人間を含む生物およびその環境を広く研究教育対象としています。
問い合わせや講演依頼は,所在地と連絡先を参照して下さい。分野を問わず,日本国内外の学生や研究者に対して,研究協力や統計データ解析支援を行なっています。最新情報は,生物科学研究所ニュースに書かれています
LIST
- Home
- Contact information for Iguchi Lab
- Research
- Publications
- 所在地と連絡先
- 井口研究室の紹介
- 教育と研究協力
- 研究例の紹介
- 統計学およびデータ解析の解説
- 辰野町の外来種ホタル問題
- 長野県の自然環境問題
- 岡谷市の地形地質と災害の問題
- 文化昆虫学
- ホタル類等,生物集団の新規・追加移植および環境改変に関する指針(全国ホタル研究会,2007)
研究例の紹介
- Non-native fireflies in Tatsuno
辰野の移入(外来)ホタル 生物多様性の喪失へ - Native fireflies in Tatsuno
辰野の在来ホタル:辰野に元々住んでいた自然のホタル - Fireflies in the Ishinoyu hot spring area
特異なゲンジボタル生息地,志賀高原・石の湯 - Geographic variation in the firefly Luciola cruciata in relation to geological events
ゲンジボタルの地理的変異と地質学的事件の関連 - Biogeography and plate tectonics of the Izu islands
伊豆諸島の生物地理とプレートテクトニクス - The walking and sprint speeds of the Japanese ant Formica japonica
アリの歩く速さと走る速さ - Tests of Rensch's rule in the Japanese fireflies Luciola cruciata and L. lateralis
ゲンジボタルとヘイケボタルにレンシュの法則はあてはまるか? - Differences in the frequency of fights between minor and major males in the horned beetle
カブトムシ雄の角長と闘争頻度について - Female-female fighting and mounting in the horned beetle
カブトムシ雌の闘争行動と同性間マウンティング - Katsuyama famous for its dinosaurs and fireflies in relation to alien fireflies in Tatsuno and Kamikochi tourism
恐竜とホタルの里・福井県勝山市から辰野町と上高地を考える - The problem of conservation of firefly biodiversity in Tatsuno
ほたるの町 辰野(長野県)でのほたる育成の取組み —ほたるによる町おこしと生態系保護の課題— - Effect of Climate Change on the Distribution of Epilachna yasutomii (Katakura)
ルイヨウマダラテントウと気候温暖化:最終氷期以降の残存種として - Effects of Goal-Setting and Self-Graphing on Math Fluency
目標設定と成績のグラフ化が計算スキルの流暢性の形成に及ぼす効果 - Kamishiro fault designated as a natural monument of Hakuba village
白馬村の天然記念物「神城断層」:2014年長野県神城断層地震の痕跡 - Residual analysis of the Irikura-Miyake ground motion model fit to Otsuki's data
入倉・三宅の地震動評価式を大槻のデータで残差分析
統計学およびデータ解析の解説
- 効果量 偏イータ二乗と一般化イータ二乗を比較: 反復測定分散分析
- 効果量イータ二乗と偏イータ二乗を比較: 二元配置分散分析
- 母比率の差の信頼区間と多重比較: 季節性胃潰瘍について
- ポアソン分布 2 群検定と t 検定 U 検定との比較: Q-Q plot も利用
- 信頼区間がマイナスになる場合: 平均と比率
- Cox 比例ハザードと制限付き 3 次スプラインモデル
- R バグ: Cox 比例ハザード Schoenfeld 検定 ggcoxzph グラフ
- Cox 比例ハザードモデルを多重代入法で計算: 欠損値処理
- 反復測定の比率データ: 一般化線形混合モデル ロジスティック回帰
- カイ二乗検定と分散分析は同様な検定である
- カイ二乗検定と Kruskal-Wallis 検定は同様な検定である
- ROC 分析 optimism 補正 AUC を R で計算: 血糖指標 HbAlc の例
- Kruskal-Wallis 検定:近似検定の標本サイズ
- Friedman 検定の多重比較 Nemenyi 検定: 順位化対応あり t 検定
- Kruskal-Wallis は平均順位検定であり,中央値検定ではない
- サーストンの一対比較法データを R で GLM 分析
- Mann-Whitney U 検定と並べ替え検定:小標本の正確検定
- Mann–Whitney U と Spearman 順位相関は同様な検定である
- t 検定の正規性も残差を調べる:検定の多重性問題
- 分散分析の正規性は残差を調べる:検定の多重性問題
- 箱ひげ図 skeletal と schematic,外れ値と 3 シグマ
- 箱ひげ図は四分位数の定義で異なる: geom_boxplot と boxplot
- 箱ひげ図とジッタープロット(データ点表示): R の利用
- Dixon の Q 検定(外れ値検定)を R で計算:統計表の作成
- Brunner-Munzel 検定の効果量と Cohen の d
- Mann-Whitney U 検定の統計量: R による注意点
- R によるランドマーク解析: X 線と内視鏡検診による胃癌生存率
- Fisher 正確検定の後に多重比較するな
- 四分位偏差は,どのように使われるか?変動係数の話題も含めて
- シューハート管理図係数の計算
- 一般線形モデルとしての 1 群分散分析
- 対応ある t 検定は 1 群検定,分散分析は 2 群以上の検定
- 小標本 t 検定の誤解:中心極限定理と一般化線形モデル
- ステップワイズ変数選択:増減法と減増法を区別せよ
- 分散分析の下位に多重検定を置くな
- 比率の差:z 検定とカイ二乗検定は同等である
- 母比率の差: カイ二乗検定, z 検定,ロジスティック回帰
- Scilab と R による 3D 散布図と回帰平面
- AIC と BIC,その特徴を比較
- 不偏標準偏差とは?:統計検定を理解せずに使っている人のために
- 対応のある t 検定から線形混合モデルへ
- シンプソンのパラドックスと回帰分析・混合モデル:「統計学が最強の学問である」を巡って
- 高校卒論「目立つ書体の組み合わせとは」一般化線形混合モデルを使って
- 水増し係数と割引き係数:不偏標準偏差と管理図係数
- 統計解析を用いた信頼性の評価 1. 医工学治療 30,倉持龍彦ほか(2018)
- 統計解析を用いた信頼性の評価 2. 医工学治療 30,倉持龍彦ほか(2018)
- Excel両対数グラフで近似直線が曲線になる理由
- 回帰と相関,知っているようで知らない,その本質:Excel の回帰分析を例として
- 回帰分析: x, y 誤差がある場合 SMA, MA 回帰
- 決定係数R2の違い:Excel,OpenOffice, LibreOffice および統計解析ソフトRを用いて
- 比率の差Z検定の注意点:統合比率を使う理由
- 四分位数と四分位群:複数定義と用語の区別,その歴史
- 入倉・三宅の地震動評価式を大槻のデータで残差分析
- 正規性検定をノンパラメトリック検定の選択基準にするな
- 標準偏差に ± を付けるな: 医療論文に多い?
- 最小二乗と最小絶対値:ロバスト回帰で外れ値分析
- Kruskal-Wallis 検定を使えば U 検定は不要:漸近と正確検定
- 多重比較 Steel-Dwass 正規近似と正確検定: U 検定が基準
- Wilcoxonの符号付き順位検定の正規分布近似
- 回帰係数0とパラメータ0は検定が違う:黒木氏の非線形問題
- ウェルチ多重検定と2群の分散分析 t検定,Rのpairwise.t.testを利用
- 円の最小2乗近似と描画に R の optimx と draw.circle 関数
- 決定係数R2の誤解:必ずしも相関の2乗という意味でなく,負にもなるし,非線形回帰には使えない
- 二重積分を R と Maxima で解く
- Maxima も Welch 検定:等分散検定は不要
- Welch検定が主流,単純t検定やANOVAは時代遅れ:Statwingの話題から
- ウェルチ検定の意図とは: 非等分散が前提ではない
- 等分散検定から t検定,ウェルチ検定,U検定への問題点
- カイ二乗検定(独立性検定)から残差分析へ:全体から項目別への検定
- Fisher 正確検定の多重比較, R と EZR を例にして
- 多項適合度検定: 3 項以上の正確検定,近似カイ二乗検定,多重比較
- 母比率の検定:カイ二乗検定,二項検定,Z検定,1標本t検定,逆正弦変換検定
- 統計学の基準値の由来:5%有意水準,カイ二乗検定,相関係数の出典と引用
- 統計学の基本用語.母数は分母でも全数でもない!:母数とは母平均や母分散
- 標本分散と標本不偏分散,nで割るかn-1で割るか,不偏標準偏差の話題も含めて
- Excelグラフ累乗,指数,多項式近似の論文記載の注意
- ロバストzスコア:中央値と四分位数で,非正規分布,外れ値を含む標準化
- 標準偏差の名付け親は,相関係数で有名なピアソン,不偏標準偏差の話題と共に
- 決定係数R2は回帰のバラツキ指標ではない
- サンプル数とサンプルサイズ n は意味が違う
- 医療従事者の手指の芽胞形成菌,興味深い結果の修士研究
- 東大入試数学の近似数値積分を統計ソフトRで考える
- 協働的学びの場としてのワークショップにおける対話支援に関する研究(水上聡子)を巡って
- NHK実践ビジネス英語:統計学用語・四分位quartileを巡って
辰野町の外来種ホタル問題
長野県上伊那郡辰野町の松尾峡は,かつては自然のホタルの名所だったが,観光目的で,国内最大規模の外来種ゲンジボタルを移入養殖し,生物多様性撹乱を引き起こしている地である。2019 年現在も,有効な在来種ホタル保護の対策を取らずに,有料でホタル見学をさせている観光地
である。
- 辰野の移入(外来)ホタル 生物多様性の喪失へ
- 長野県辰野のホタル再考:観光用の移入蛍で絶滅した地元蛍 松尾峡ほたる祭りの背景にあるもの
- 辰野町松尾峡ほたる童謡公園と駐車場による生物多様性喪失
- Ellen Haugan さん(ノルウェー・オスロ大),辰野町松尾峡へ
- ドラマ神の舌を持つ男・殺しは蛍が見ていた,辰野町がモデル
- 辰野町からホタルを移入した大月ホタルの里(新潟県南魚沼市)
- 地域ぐるみによるホタル保全活動の促進に関する研究(滋賀県立大卒論)
- 辰野のホタル 町おこしと保護の課題 - 滋賀県守山市・環境学習会
- Tatsuno, an ecologically polluted town, defiled Matsuo-kyo Sanctuary for fireflies
- 辰野町,ほたる祭り用の蛍が欲しいと東京・板橋に陳情
- 「ホタル保護条例」が問いかけるもの
長野県の自然環境問題
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長野県生物多様性概況報告書
長野県内には,発光周期から見て,東日本型,西日本型,中間型のゲンジボタルが生息する。しかし,西日本型は,辰野町の例に見られるような外来種である。 - 上高地,志賀高原,辰野町のゲンジボタル:その駆除を巡って
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Stop! コモチカワツボ - 長野県
カワニナとともに移入されることがある有害な外来種の巻貝コモチカワツボ Potamopyrgus antipodarum に注意を 促す長野県環境部自然保護課のお知らせ。 - 第8回信州ホタル保護連絡会:松本市の有害外来種巻貝コモチカワツボ
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長野ホタルの会
長野県内各地のホタルに関する調査,研究,保全等の活動を通じて地域づくりに寄与することを目標にしている。 - 長野ホタルの会が創立20周年: 三石暉弥先生と生物多様性保全
- ゲンジボタル3型の存在を明記した長野県の生物多様性の解説
- 白馬村の天然記念物「神城断層」:2014年長野県神城断層地震の痕跡
岡谷市の自然と地形地質
- 岡谷市役所と活断層 糸魚川-静岡構造線.
- 3次元画像で得られた長野県岡谷市塩嶺山地における地形地質学的特長. 日本活断層学会2015年度大会発表
- 長野県岡谷市の塩嶺西山地域における断層と地すべり地形:日本活断層学会2013年度大会発表
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長野県岡谷市の塩嶺西山地域における断層と地すべり地形
塩嶺病院および岡谷小学校付近の断層と地すべり地形の研究。 - 岡谷市で発見された糸魚川ー静岡線に関連する活断層:岡谷市役所ー敬念寺断層
- 岡谷市看護専門学校(旧塩嶺病院)直下の活断層
- 活断層「塩嶺断層」の調査に対する岡谷市の対応
- 象神崖(岡谷市横河川):糸魚川-静岡構造線との関連?
- アキアカネ,諏訪湖へ下る:高ボッチの蝶,活断層,草競馬の話題も含めて
- 諏訪湖に飛来したアメリカコハクチョウ
生物科学研究所ニュース
全般
著作物や研究発表に関しては,Publications (研究論文など)に,随時追加,あるいは,PDFのアップが行なわれるので,チェックしてほしい。
全国の研究者,大学生や大学院生に対して,研究協力や統計学的データ解析の支援を行なっています。さらに,小学生から高校生に対して,科学研究の支援も行なっています。それらの内容については,井口研究室の教育と研究協力を参照して下さい。
ニュース 1 (2023年5月5日) New!
共著論文が発表になりました。
尾之上高哉・井口豊 (2022)
困難に直面している人への言葉かけに関する基礎的研究
日本教育工学会論文誌 46(Suppl.): 193-196.
能力の固定性と可変性に対する認識に関する研究結果です。ロジスティック回帰分析を利用しました。
水上聡子・井口豊 (2023)
福井県版気候変動教育「ジグソー法を用いた課題解決ワークショップ」の可能性―シティズンシップの視点から―
環境教育 32(1): 3-13.
持続可能な社会づくりのための資質・能力としてユネスコも掲げているコンピテンシー
に関する調査研究報告です。主成分分析が使われました。
ニュース 2 (2023年4月6日) New!
私が統計データ解析を支援してきた島田英泰さん(緑生環,神奈川県相模原市)の樹木保全研究の論文が発表されました。
島田英泰・細野哲央(2023)
樹幹上部の枝葉を保持する剪定方法がシラカシ(Quercus myrsinifolia)の成長に及ぼす影響:樹冠を縮小する剪定方法との比較
樹木医学研究 27 (1): 1-12.
統計分析に allometry と Tamhane-Dunnett 多重検定が使われています。
ウェブページ更新:
信州大学と白馬・小谷両村が連携した神城断層地震震災アーカイブ
の情報を追記した。
静岡県の生物多様性保全行動計画について,移入ホタル問題の記載を追加した。
ニュース 3 (2023年3月11日) New!
ウェブページ更新:
いずれも, Schoenfeld の比例ハザード検定に関して, R のバグを修正して計算した。
ニュース 4 (2023年3月10日) New!
私が統計データ解析を支援してきた草間賢介さん(堺市立病院機構・堺市立総合医療センター看護局)の修士研究を再構成した論文が発表されました。
草間賢介・石橋正浩(2023)
看護師の経験年数と専門学歴が専門職的自律性に与える影響
大阪教育大学紀要.総合教育科学 71: 217-229
ニュース 5 (2023年2月20日) New!
私が統計データ解析を支援してきた池田裕貴さん(飯田病院リハビリテーション科,長野県飯田市)の論文が発表されました。
池田裕貴・松浦汰一・林忠輝・本田哲三(2023)
大腿内側部へのキネシオテーピングと大腿部加圧装具が股関節内転機能および歩行機能に即時的効果を与えた一閉鎖神経障害例
理学療法科学 38(1): 84-89.
末梢神経障害による筋力低下を改善させた重要な研究例です。
ウェブページ更新:
多項適合度検定: 3 項以上の正確検定,近似カイ二乗検定,多重比較
3 項以上の適合度検定で,正確検定と近似的なカイ二乗検定を対比し,多重比較(Holm 補正)の結果も示した。
ニュース 6 (2023年2月12日) New!
ウェブページ更新:
回帰分析: x, y 誤差がある場合 SMA, MA 回帰
両回帰の異なる名称について,出来るだけ多く挙げた。 SMA (Standardised major axis) は,標準化主軸回帰と呼ばれるが,標準主軸 (Standard major axis)回帰,縮小長軸(Reduced major axis, RMA)回帰,幾何平均(Geometric mean)回帰と呼ばれることもある。 MA (Major axis) は主成分回帰,主軸回帰,最大軸回帰などと呼ばれる。
ニュース 7 (2022年8月30日)
五味志文さん(諏訪市,五味医院)の臨床研究成果が論文化されました。貴重なデータの統計解析に協力できて私も嬉しい。
五味志文(2022)
2 型糖尿病患者における経口セマグルチドの使用経験
—筋肉量と脂肪量の変化の検討—
Progress in Medicine 42(8): 77-82.
経口セマグルチド投与による筋肉量,HbA1c,体重,脂肪量の経時的変化を一般化線型混合モデル(ガンマ分布)で分析した結果です。本剤が,筋肉量を減らさずに脂肪量を減少させ,高齢者でも有効に使えることを示唆しています。
ニュース 8 (2022年8月29日)
丸の内病院(松本市)の吉澤光崇さんから,論文掲載の連絡が PDF と共に届いた。
吉澤光崇(2022)
汎用計測器による高周波ラジオ波メス出力測定法の実用性の検討
医工学治療 34(2): 78-85.
丹念なデータ収集と統計処理で,内容が濃い研究成果となりました。私のサイトでも紹介されている倉持さんらの論文が大いに役立ったと聞き,嬉しく思います。
倉持龍彦・對馬栄輝・下井俊典・井口豊・宮田賢宏・大塚紹・大友学・若狭伸尚・村野勇・米津太志・角田恒和 (2018)
統計解析を用いた信頼性の評価 1.
医工学治療 30 (2): 73-77.
ニュース 9 (2022年6月13日)
中日新聞から取材を受けた 3 秒型ゲンジボタルの話題が記事になりました。
<奥三河点描> ゲンジボタルの発光(中日新聞 6 月 4 日)
5 月,6 月になると,新聞にホタル記事は多いが, 3 秒型に気づく記者さんは少ないと思います。
ニュース 10 (2022年5月16日)
五味志文さん(諏訪市,五味医院)の臨床研究成果が論文化されました。統計データ解析に協力した私も嬉しい。
Simmon Gomi (2022)
Accuracy of short-term insomnia onset and composite clinical score in the differential diagnosis of common cold and influenza: A cross-sectional study
Kawasaki Medical Journal 48:01-08
主成分分析で求めた複合臨床スコア(発熱日基準)を利用し,普通の風邪に対してインフルエンザである確率が,発熱日を0として, a day 0 axis symmetrical and inverted U-shaped relationship となる,という研究です。不眠データでも,同様な関係が認められました。
ニュース 11 (2022年3月3日)
私が,博士論文(早稲田大学)の統計データ解析を支援した李 羽喆(LI Yuzhe)さんから,マカオ大学 人文学部 日本研究センター講師を務めている,との連絡があった。 LI Yuzhe web site を紹介しておきます。日本語教育を専門として,漢字圏日本語学習者を対象にした漢字語彙学習ストラテジー測定スケールの開発をおこなっている。今年もまた年始に,面白いキャラ入りカードで新年の挨拶を頂き,私も嬉しかった。これからも,研究を続けたいとの熱意が伝わってきます。
ニュース 12 (2022年2月15日)
共著論文が,日本教育心理学会の2020年度優秀論文に選ばれました(参照: 宮崎大学教育学部 ニュース 2021.11.29)。
尾之上高哉・井口豊 (2020)
ブロック練習と交互練習の単独効果と複合効果の比較検討
—学習内容の定着度,及び,確信度判断の正確性に着目して—
教育心理学研究 68(2): 122-133.
尾之上高哉・井口豊 (2022)
優秀論文賞を受賞して ブロック練習と交互練習の単独効果と複合効果の比較検討―学習内容の定着度,及び,確信度判断の正確性に着目して―.
教育心理学年報 61: 342-343.
ニュース 13(2021年10月3日)
私が統計データ解析を支援してきた水上聡子さん(アルマス・バイオコスモス研究所)と関田惇也さん(北里大学 医療系研究科)の論文が出版されました。
水上聡子・高橋敬子(2021)
福井県版 「気候変動ミステリー」 を用いた教育プログラムの可能性-シティズンシップ教育における内発的動機づけとコンピテンシーの視点から
環境教育 31(1): 23-32.
Sekita, J., Takahira, N., Iwamura, G., Watanabe, H., Kusaba, A. and Kondo, S. (2021)
A Predictive Model for Hip Abductor Strength and Knee Extensor Strength 12 Months After Total Hip Arthroplasty With an Interaction Term
BMC Musculoskelet Disord 22: 827
ニュース 14 (2021年9月8日)
日本ホタル再生ネットが発行する雑誌の第 2 号が送られてきました。
日本ホタル再生ネットは,昨年誕生したばかりの組織ですが,この発行雑誌も今後の発展が楽しみです。
ニュース 15 (2021年5月11日)
私が統計データ解析を支援してきた草間賢介さん(堺市立病院機構・堺市立総合医療センター看護局)と畠山尚文さん(北海道・八雲総合病院リハビリテーション室)の修士研究が発表されました。
草間賢介(2021)
卒後5年間における看護師の専門職的自律性の変化
―看護師の主体的な継続した学びのために―
大阪教育大学大学院教育学研究科
健康科学専攻 人間科学コース 発達人間学分野
畠山尚文・井出訓 (2021)
「誤嚥を起こさないための食事介助」における知識尺度の作成
言語聴覚研究 18巻1号
畠山さんのものは,修士研究をまとめた学術論文です。
ニュース 16 (2021年3月17日)
私が博士論文の統計データ解析を指導したインドの Sunitha さんから,インド経営大学院ヴィシャーカパトナム校の Assistant Professor に採用されたとの連絡があったので,彼女のサイトを挙げておきます。専門は,第二言語としての英語教育です。
T Sunitha web site at Indian Institute of Management Visakhapatnam
ニュース 17 (2021年2月14日)
自治医科大の神田善伸さんによる,超簡単な EZR 入門書が発売されています。私のところへも,出版社(オーム社)を通じて寄贈されました。遅ればせながら,改めて,神田さんとオーム社に感謝します。
神田善伸 (2020)
サラっとできる! フリー統計ソフトEZR(Easy R)でカンタン統計解析
オーム社
ニュース 18 (2021年1月30日)
共同研究の成果が発表されました。
尾之上高哉・井口豊 (2020)
ブロック練習と交互練習の単独効果と複合効果の比較検討
—学習内容の定着度,及び,確信度判断の正確性に着目して—
教育心理学研究 68(2): 122-133.
宮崎大学の尾之上さんとの長期にわたる研究成果となりました。
倉持龍彦・井口豊 (2020)
“R言語”が導く統計解析の世界
血液浄化とそれを支える基盤技術,織田成人・酒井清孝(編),東京医学社:167-182.
土浦共同病院の倉持さんによる, R を利用した医療統計解析の集大成の一つとなりました。