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生物科学研究所 井口研究室
Laboratory of Biology, Okaya, Nagano, Japan
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箱ひげ図とジッタープロット（データ点表示）: R の利用

井口豊（生物科学研究所，長野県岡谷市）
最終更新： 2022 年 9 月 22 日

1. はじめに

箱ひげ図（box plot）に，データ点を描くジッタープロット（jitter plot）を重ねて描きたいことがある。ここでは， R を利用した例を紹介する。

2. 箱ひげ図にジッタープロット重ねる R スクリプト

いろいろな方法があるが，たぶん最も簡単な方法が stripchart 関数の文字通り， method 引数 jitter を使った R スクリプトである。サンプルデータとして頻出する iris データの萼片長 Sepal.Length と種 Species を使ってみた。なお，この箱ひげ図は， schematic boxplot であり，外れ値も示している。それに関しては，別ページで解説した（箱ひげ図 skeletal と schematic，外れ値と 3 シグマ）。 


#############
boxplot(
  Sepal.Length ~ Species, data = iris,
  outline = FALSE,
  col = "white"
)

stripchart(
  Sepal.Length ~ Species, data = iris, 
  method = "jitter",
  pch = 16, col = 2:4,
  vertical = TRUE,
  add = TRUE
)

################

結果は，次の図 1 のとおりである。

箱ひげ図とジッタープロット

図 1. 箱ひげ図とジッタープロットの重ね合わせ．R 組み込みの iris データ使用．

これを ggplot2 を使って描くと，以下のようなスクリプトになる。 


#############
library(ggplot2)

ggplot(
   iris, aes(x = Species, y = Sepal.Length,
   color = Species)
  ) + 
   geom_boxplot(
      outlier.shape = NA
    ) +
   stat_boxplot(
      geom = "errorbar", width = 0.2
    ) +
geom_jitter()

################

結果は，次の図 2 のとおりである。

箱ひげ図とジッタープロット，ggplot2 利用

図 2. 箱ひげ図とジッタープロットの重ね合わせ．ggplot2 と R 組み込みの iris データ使用．

なお，統計ソフトによって，あるいは，同じソフトでも，利用する関数によって，四分位数の定義が異なり，箱ひげ図が異なる場合があるので，注意が必要である。

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